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lunes, 23 de diciembre de 2013

Tapirus Kabomani, nueva especie en la Amazonia.



Una nueva especie de tapir de la Amazonia.

Recientemente leí una publicación por el "American Society Of Mamalogist" que no tiene más de dos semanas de haber sido publicada, se trata sobre el descubrimiento de un nuevo Tapir, lo que algunos le han llamado "el descubrimiento zoológico más grande de las últimas dos décadas", 

Lo he traducido al español, aumentado información básica sobre los tapires en general y colocado fotografías que fueron y no usadas en la publicación original, todo esto para hacerlo más fácil de comprender. 

Finalmente incluyo el análisis molecular y tiempos de divergencia pertenecientes a la metodología para aquellos que deseen saber más del tema fuera de las diapositivas que yo mismo realicé. 


Metodología y Materiales.





Se realizó un análisis cladístico morfológico utilizando la versión TNT 1.1 para inferir en las relaciones filogenéticas de los tapires utilizando la parsimonia con la aquickie.run, proporcionados con el paquete de TNT.

La matriz incluyó 15 taxones y 60 caracteres craneales, dentales y postcraneanos, modificado a partir de Hulbert y Wallace con personajes tratados como no ordenada.

 El grupo-incluido todas las especies vivientes conocidas y 6 fósil Tapirus del Mioceno al Pleistoceno del Norte y del Sur. Out-grupos incluyen los géneros extintos Plesiotapirus y Paratapirus, siguiendo las propuestas anteriores.

Análisis Moleculares

Los siguientes números totales de las muestras o secuencias, o ambos, se incluyeron en los análisis:
T. terrestris: n = 52, T. bairdii: n = 3, T. pinchaque: n = 5, T. indicus: n = 4, Tapirus sp. noviembre: n = 4. 
Equus caballus o Rhinocerotidae, o ambos, se utilizaron como "out-groups"

Las secuencias de ADN de 3 genes de ADN mitocondrial (citocromo b [Cytb], citocromo oxidasa I [COI], y citocromo oxidasa II [CO II]) de las especies de Tapirus que viven, se generaron y se compararon con los datos publicados anteriormente (Ashley et al 1996;. Normandos y Ashley 2000;. de Thoisy et al 2010).

Se incluyó un análisis exhaustivo de la Cytb en un gran muestreo geográfica en América del Sur, como se ha demostrado ser útil en la recuperación de la filogenia de los mamíferos y la exposición de las especies crípticas (Baker y Bradley 2006;. Redondo et al 2008).

Los alineamientos de secuencias se realizaron con Clustal W 2.1 (Larkin et al. 2007) y editarse o concatenados, o ambos, cuando sea necesario con la función de alineación Explorador implementado en MEGA 5.1

Las alineaciones resultantes se utilizaron en la reconstrucción filogenética por 2 métodos. En primer lugar, se realizó una búsqueda de máxima probabilidad en PhyML 3.0.1 (Guindon et al. 2010) utilizando el modelo de GTRþCþinv con parámetros estimados a partir de los datos por el enfoque de máxima probabilidad. El árbol inicial era un árbol BioNJ y se realizó la búsqueda utilizando tanto NNI y reordenamientos SPR en cada interacción manteniendo sólo el árbol con mejor puntuación verosimilitud.

Utilizaron como probabilidades previas para las edades de los nodos (Drummond y Rambaut 2006). También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los tiempos de divergencia de los nodos, con la tasa de evolución descrito anteriormente (2,5%). Todas las estimaciones fueron congruentes.

Tiempos de Divergencia

Se utilizaron dos métodos para estimar los tiempos de divergencia entre los linajes Tapirus. En el primero, se utilizó el método de Linetree Takezaki-Rzhetsky-Nei (Tamura et al. 2007), lo que supone un estricto reloj molecular. Se Asumimó una tasa de sustitución evolutiva de 2,5% por millón de años.


Además se usó fechas estimadas a partir del registro fósil para calibrar el reloj molecular y establecer límites en algunas de las divisiones clado en el árbol para refinar las estimaciones (véase Hulbert 1999 ; Spassov y Ginsburg 1999 ; Holanda y Cozzuol 2006 ; Ferrero y Noriega 2007 ; Holanda et al 2011 ;  y el análisis morfológico a continuación) . Estos límites de edad determinados por fechas fósiles se establecieron en la división entre los tapires asiáticos y americanos (hace 15 6 SD 5.000.000 años [ mya ] ) , por la divergencia entre T. bairdii y los tapires sudamericanos ( 7.5 6 1 mya ) , así como la diversificación de los tapires Sudamericanos ( 0,13 6 0,1 mya ) . En un segundo método , se utilizó una estimación bayesiana implementado en BESTIA 1.5.3 ( Drummond et al . 2007 ) , con un reloj molecular relajado utilizando las mismas calibraciones fósiles arriba para ajustar los medios y las desviaciones estándar de una distribución normal utilizado como probabilidades previas para las edades de los nodos ( Drummond y Rambaut 2006 ) . También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los tiempos de divergencia de los nodos , con la tasa de evolución descrito anteriormente ( 2,5 %). Todas las estimaciones fueron congruentes.

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martes, 3 de diciembre de 2013

Pan kun va al médico, El mejor Humor Animal.

Hace poco me he enterado de este programa muy interesante sobre un chimpancé y su fiel amigo canino.

El programa se fundamenta en que el que estos animales protagonistas se desenvuelven en varias actividades del ámbito humano, dejando al público perplejo ante la inteligencia de Pan (el chimpancé).

Aquí encontraran un video con tan solo un segmento de un capítulo en donde Pan Kun va al médico.

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sábado, 16 de noviembre de 2013

Biomecánica de tres cáctus columnares de América Latina.

Hola a todos los lectores de mi blog, rápidamente les comento que el presente artículo ha tenido como finalidad comentarles sobre la integridad de las ramificaciones de tres tipos de cactáceas. 

Sabiendo que es un tema completamente nuevo y no muy estudiado, me he he tomado mi tiempo en resumir las características más importantes de tres especies de cactus como también traducir y tomar las partes más importantes de un estudio científico de biomecánica que recientemente fue publicado y me gustó mucho, también con la finalidad de ahorrarles el tiempo especialmente a los que no sepan inglés.

Los autores de la publicación original en la que me he basado son: Hannes Schwager, Tom Masselter, Thomas Speck y Christoph Neinhuis en el año 2013, su publicación: Functional morphology and biomechanicsof branch–stem junctions in columnar cacti.



Ensayo Científico de ámbito biológico realizado por: Jaramillo Juan

Biomecánica de las ramificaciones en los cactus columnares: Pilosocereus pachycladus, Cleistocactus morawetzianus y Myrtillocactus geometrizans, como una estrategia de adaptación morfológica funcional.

Pilosocereus pachycladus es una especie fanerógama perteneciente a la familia Cactaceae, endémica de Brasil. Es una especie extendida por todo el mundo.

Reino: Plantae SubreinoTracheobiontaFamilia:CactaceaeGénero:Pilosocereus Especie: P. pachycladus

Cleistocactus morawetzianus es una especie de Cactus endémico de Perú, extendida por todo el mundo. Puede tener una altura de 45 a 60 cm.

Reino: PlantaeSubreino:MagnoliophytaFamiliaCactaceaeGénero:CleistocactusEspecie: C.morawetzianus


Myrtillocactus geometrizans es una especie fanerógama perteneciente a la familia de las Cactaceae, endémica de México extendida por todo el mundo.

Reino: PlantaeSubreino:MagnoliophytaFamilia:CactaceaeGénero:MyrtillocactusEspecie: M. geometrizans

v  Introducción:


A partir de la adaptación en ambientes áridos o semiáridos, las cactáceas columnares evolucionaron de manera diferente de la mayoría de las plantas dicotiledóneas. Las dos características morfológicas más conspicuas son las espinas usando areolas  y su suculenta corteza (Mauseth et al 2002).

En contraste con el principio de construcción ampliamente aceptado que indica que “los tejidos de soporte deben acomodarse en una periferia erecta columnar o estructura tubular para incrementar la rigidez a la flexión y la seguridad contra el doblo mediante el aumento del respectivo segundo momento del área axial” (Klein B. 2005) contrasta con el hecho que el tejido lignificado vascular (de apoyo) de los brotes del cactus, están localizados más centradamente.

Tejidos corticales suculentos para el almacenamiento de agua, la asimilación y transpiración, rodean a un tubo de tejido conductor y fibras. (Mauseth JD. 2006) FIGURA 1 D-F

La distinta constricción de las ramificaciones de cactus es en los puntos de ramificación debido a la presencia de la corteza suculenta, ésta es otra peculiaridad morfológica de los cactus columnares y no ha sido objeto de análisis biomecánicos todavía. Las averiguaciones previas sobre la estabilidad de ramificaciones de las plantas se centraron principalmente en las ramificaciones del árbol que no muestran estas constricciones. (Hannes S 2013)

Para estas ramificaciones "normales", el consenso principal es que las estrategias de adaptación de carga específicos conducen a condiciones de tensión-deformación homogénea en la región de ramificación. Típicamente el diámetro basal de una rama de árbol se correlaciona con la de flexión causada por la acción de su peso muerto y las cargas adicionales de viento  (Niklas KJ. 1992)

El objetivo de este estudio es analizar la estabilidad y la integridad de ramificaciones en tres especies de cactus columnar. Un enfoque especial es en la interacción mecánica entre la disposición de fibra interior del tejido vascular en combinación con la presencia de la corteza suculenta y la forma de la unión. Los resultados sugieren una grande estrategia de adaptación de cactus específica.

Figura 1. Pilosocereus pachycladus: (a) planta entera; (d) sección transversal de una rama; (g) Sección transversal de madera (j) madera en la sección tangencial longitudinal. Cleistocactus morawetzianus: (b) toda la planta, (e) la sección transversal de una rama, (h) sección transversal de la madera, (k) sección tangencial longitudinal de la madera. Myrtillocactus geometrizans: (c) toda la planta, (f) la sección transversal de una rama, (i) sección transversal de la madera, (l) la sección tangencial longitudinal de la madera.
S = piel, c = corteza, vt = tejidos lignificados vasculares (madera de cactus), p = médula (tuétano), fl = láminas de fibra; v = vaso.


v  Desarrollo:



Para los estudios macroscópicos, los especímenes fueron disecados manualmente y los tejidos lignificados de las ramificaciones se prepararon por maceración enzimática de celulosa y pectinasa a 378C. La Solución de la enzima en sí tamponada con ácido cítrico (pH 5,5), estabilizado con polivinilpirrolidona y conservado con azida de sodio. El curso de la fibra en la zona de ramificación se determinó mediante el análisis de vistas laterales macroscópicas, secciones longitudinales y transversales mediana con el procesamiento digital de imágenes de software ImageJ v 1.47t
Tres modelos informáticos tridimensionales de las ramificaciones de cactus se han generado con el software de modelado de elementos finitos PATRAN v. 2012 (MSC Software Corp.).
Los resultados de las investigaciones anatómicas y mecánicas descritas sirven como parámetros de entrada para estos modelos. Una particular atención se dio para representar correctamente las características morfológicas y anatómicas de las especies investigadas.

Figura 2: .Pilosocereus pachycladus: (a, d, g, j). Cleistocactus morawetzianus (b, e, h, k) Myrtillocactus geometrizans (c, f, i, l).

Los modelos con del material ortótropos e isótropo constantemente se utilizaron para poner de relieve la influencia de la madera fibrosa en el estado de tensión en la zona de ramificación. El resultado de estas simulaciones (P. pachycladus: figura 4e, i; M. geometrizans: figure 4f, j) se compararon con un modelo de referencia simple que consiste en dos tubos cilíndricos conjuntos (figura 4c, g) así como un modelo optimizado biomiméticamente usando de las reglas de diseño establecidas por Mattheck para  imitar ramificaciones de árbol (figura 4d, h)


Figura 4. Análisis de elementos finitos de los modelos de ramificación. Modelos de elementos finitos enteros de (a) pachycladus Pilosocereus y (b) Myrtillocactus geometrizans. Distribución de tensiones en el tejido vascular: tensiones de tracción (rojo) en el lado adaxial (c-f) y tensiones de compresión (azul) en el lado abaxial (g-j) de la ramificación de (c, g) un modelo de referencia que consiste en dos tubos cilíndricos conjuntas; (d, h) un modelo de acuerdo con los métodos desarrollados por Mattheck. (e, i) son el modelo de P. pachycladus, y (f, j) el modelo de M. geometrizans. Distribución de la tensión de compresión (azul) en la corteza suculenta: (k) el modelo de P. pachycladus; (l) el modelo de M. geometrizans. Flechas: (c, g) el estrés máximos; (e, f) desplazamiento lateral de la tensión acentos máximos; (i) desplazamiento lateral de la compresión de estrés máximos; (k, l) la tensión de compresión en la corteza en el lado abaxial de la ramificación.




Modelo de Referencia.- El modelo de referencia de dos tubos cilíndricos conjuntas muestra la distribución de la tensión típica de una viga en voladizo en condiciones de carga automática (figura 4c, g). Los esfuerzos de tensión en la adaxial y tensiones de compresión en el lado abaxial de la rama alcanzar su máximos en la unión de la rama con el vástago. El borde afilado en la transición conduce a una concentración muy alta tensión (tensiones de primera clase, las flechas en la figura 4c, g), lo que aumenta el riesgo de fracaso.

Modelo de Mattheck.- En un modelo basado en las reglas de diseño propuestos por Mattheck, las tensiones mecánicas en la zona de unión se extienden por un área mayor (véase la figura 4d, h con la figura 4c, g). El diámetro de la base rama ampliada en combinación con una curvatura suave en la zona de transición entre el vástago y la rama ayuda a reducir la magnitud de la tensión y conducir a una distribución de tensiones homogéneo sin picos de tensión muesca críticos en el lado abaxial y adaxial de la base de rama.


v  Conclusiones


o    Pilosocereus pachycladus: El modelo que representa la estructura de soporte vascular lignificadas de la ramificación de P. pachycladus y muestra que las muescas en el lado adaxial y abaxial en combinación con el comportamiento del material ortotrópico dividen el estrés máximo en dos partes principales y cambian ellos lateralmente hacia la periferia de la rama (comparar figura 4e, i con la figura 4c, g). No hay concentraciones críticas de estrés se pueden encontrar en las regiones mediana.
En las simulaciones que también  tengan la corteza suculenta en cuenta a una reducción de la tensión de compresión en el tejido vascular en el lado abaxial de la base de rama, podría ser detectado como si  la corteza suculenta disipase en parte el esfuerzo de compresión (Ver flecha en la figura 4 k).
o   Cleistocactus morawetzianus: La ramificación es morfológicamente muy similar a P. pachycladus, lo que sugiere que los resultados son transferibles a C. morawetzianus. Por lo tanto, no se realizó la simulación adicional.

o   Myrtillocactus geometrizans: La simulación excluyendo la corteza cuenta con una distribución de la tensión homogénea sin concentraciones de tensiones en el lado abaxial de la ramificación similar al modelo Mattheck (comparar figura 4j con la figura 4h). En el lado adaxial, el comportamiento del material ortotrópico de la madera de cactus conduce a un desplazamiento lateral de la tensión máxima. La sección media está libre de tensiones de tracción. La diferencia con una ramificación del árbol "normal" se fundamenta en las simulaciones, incluyendo la corteza. La tensión de estreses máximos y mínimos de la tensión de compresión en el tejido vascular se reducen en casi un 50%. La corteza se disipa en parte el esfuerzo de compresión en el lado abaxial de la rama (flechas en la figura 4l).


v  Bibliografía


Schwager H, Masselter T, Speck T, Neinhuis C. 2013 Functional morphology and biomechanics of branch–stem junctions in columnar cacti. Proc R Soc B 280: 20132244. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2013.2244

Klein B. 2005 Leichtbau-Konstruktion, 6th edn. Wiesbaden, Germany: Vieweg. 
Mauseth JD, Kiesling R, Ostolaza C. 2002 A cactus odyssey. Portland, OR: Timberpress.

Mauseth JD. 2006 Structure –function relationships in highly modified shoots of Cactaceae. Ann. Bot. 98, 901– 926. (doi:10.1093/aob/mcl133)

Niklas KJ, Molina-Freaner F, Tinoco-Ojanguren C. 1999 Biomechanics of the columnar cactus Pachycereus pringlei. Am. J. Bot. 86, 767– 775. (doi:10.2307/2656697)







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