Tapirus Kabomani, nueva especie en la Amazonia.

Una nueva especie de tapir de la Amazonia.

Recientemente leí una publicación por el "American Society Of Mamalogist" que no tiene más de dos semanas de haber sido publicada, se trata sobre el descubrimiento de un nuevo Tapir, lo que algunos le han llamado "el descubrimiento zoológico más grande de las últimas dos décadas", 

Lo he traducido al español, aumentado información básica sobre los tapires en general y colocado fotografías que fueron y no usadas en la publicación original, todo esto para hacerlo más fácil de comprender. 

Finalmente incluyo el análisis molecular y tiempos de divergencia pertenecientes a la metodología para aquellos que deseen saber más del tema fuera de las diapositivas que yo mismo realicé. 

Metodología y Materiales.

Se realizó un análisis cladístico morfológico utilizando la versión TNT 1.1 para inferir en las relaciones filogenéticas de los tapires utilizando la parsimonia con la aquickie.run, proporcionados con el paquete de TNT.

La matriz incluyó 15 taxones y 60 caracteres craneales, dentales y postcraneanos, modificado a partir de Hulbert y Wallace con personajes tratados como no ordenada.

 El grupo-incluido todas las especies vivientes conocidas y 6 fósil Tapirus del Mioceno al Pleistoceno del Norte y del Sur. Out-grupos incluyen los géneros extintos Plesiotapirus y Paratapirus, siguiendo las propuestas anteriores.

Análisis Moleculares

Los siguientes números totales de las muestras o secuencias, o ambos, se incluyeron en los análisis:

T. terrestris: n = 52, T. bairdii: n = 3, T. pinchaque: n = 5, T. indicus: n = 4, Tapirus sp. noviembre: n = 4. 

Equus caballus o Rhinocerotidae, o ambos, se utilizaron como "out-groups"

Las secuencias de ADN de 3 genes de ADN mitocondrial (citocromo b [Cytb], citocromo oxidasa I [COI], y citocromo oxidasa II [CO II]) de las especies de Tapirus que viven, se generaron y se compararon con los datos publicados anteriormente (Ashley et al 1996;. Normandos y Ashley 2000;. de Thoisy et al 2010).

Se incluyó un análisis exhaustivo de la Cytb en un gran muestreo geográfica en América del Sur, como se ha demostrado ser útil en la recuperación de la filogenia de los mamíferos y la exposición de las especies crípticas (Baker y Bradley 2006;. Redondo et al 2008).

Los alineamientos de secuencias se realizaron con Clustal W 2.1 (Larkin et al. 2007) y editarse o concatenados, o ambos, cuando sea necesario con la función de alineación Explorador implementado en MEGA 5.1

Las alineaciones resultantes se utilizaron en la reconstrucción filogenética por 2 métodos. En primer lugar, se realizó una búsqueda de máxima probabilidad en PhyML 3.0.1 (Guindon et al. 2010) utilizando el modelo de GTRþCþinv con parámetros estimados a partir de los datos por el enfoque de máxima probabilidad. El árbol inicial era un árbol BioNJ y se realizó la búsqueda utilizando tanto NNI y reordenamientos SPR en cada interacción manteniendo sólo el árbol con mejor puntuación verosimilitud.

Utilizaron como probabilidades previas para las edades de los nodos (Drummond y Rambaut 2006). También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los tiempos de divergencia de los nodos, con la tasa de evolución descrito anteriormente (2,5%). Todas las estimaciones fueron congruentes.

Tiempos de Divergencia

Se utilizaron dos métodos para estimar los tiempos de divergencia entre los linajes Tapirus. En el primero, se utilizó el método de Linetree Takezaki-Rzhetsky-Nei (Tamura et al. 2007), lo que supone un estricto reloj molecular. Se Asumimó una tasa de sustitución evolutiva de 2,5% por millón de años.

Además se usó fechas estimadas a partir del registro fósil para calibrar el reloj molecular y establecer límites en algunas de las divisiones clado en el árbol para refinar las estimaciones (véase Hulbert 1999 ; Spassov y Ginsburg 1999 ; Holanda y Cozzuol 2006 ; Ferrero y Noriega 2007 ; Holanda et al 2011 ;  y el análisis morfológico a continuación) . Estos límites de edad determinados por fechas fósiles se establecieron en la división entre los tapires asiáticos y americanos (hace 15 6 SD 5.000.000 años [ mya ] ) , por la divergencia entre T. bairdii y los tapires sudamericanos ( 7.5 6 1 mya ) , así como la diversificación de los tapires Sudamericanos ( 0,13 6 0,1 mya ) . En un segundo método , se utilizó una estimación bayesiana implementado en BESTIA 1.5.3 ( Drummond et al . 2007 ) , con un reloj molecular relajado utilizando las mismas calibraciones fósiles arriba para ajustar los medios y las desviaciones estándar de una distribución normal utilizado como probabilidades previas para las edades de los nodos ( Drummond y Rambaut 2006 ) . También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los tiempos de divergencia de los nodos , con la tasa de evolución descrito anteriormente ( 2,5 %). Todas las estimaciones fueron congruentes.