Una nueva especie de tapir de la Amazonia.
Recientemente leí una publicación por el "American Society Of Mamalogist" que no tiene más de dos semanas de haber sido publicada, se trata sobre el descubrimiento de un nuevo Tapir, lo que algunos le han llamado "el descubrimiento zoológico más grande de las últimas dos décadas",
Lo he traducido al español, aumentado información básica sobre los tapires en general y colocado fotografías que fueron y no usadas en la publicación original, todo esto para hacerlo más fácil de comprender.
Finalmente incluyo el análisis molecular y tiempos de divergencia pertenecientes a la metodología para aquellos que deseen saber más del tema fuera de las diapositivas que yo mismo realicé.
Metodología y Materiales.
Se realizó un análisis cladístico
morfológico utilizando la versión TNT 1.1 para inferir en las relaciones
filogenéticas de los tapires utilizando la parsimonia con la aquickie.run,
proporcionados con el paquete de TNT.
La matriz incluyó 15 taxones y 60
caracteres craneales, dentales y postcraneanos, modificado a partir de Hulbert
y Wallace con personajes tratados como no ordenada.
El
grupo-incluido todas las especies vivientes conocidas y 6 fósil Tapirus del
Mioceno al Pleistoceno del Norte y del Sur. Out-grupos incluyen los géneros
extintos Plesiotapirus y Paratapirus, siguiendo las propuestas anteriores.
Análisis
Moleculares
Los siguientes
números totales de las muestras o secuencias, o ambos, se incluyeron en los
análisis:
T. terrestris: n = 52, T. bairdii: n = 3, T. pinchaque: n = 5, T.
indicus: n = 4, Tapirus sp. noviembre: n = 4.
Equus caballus o Rhinocerotidae,
o ambos, se utilizaron como "out-groups"
Las secuencias de
ADN de 3 genes de ADN mitocondrial (citocromo b [Cytb], citocromo oxidasa I
[COI], y citocromo oxidasa II [CO II]) de las especies de Tapirus que viven, se
generaron y se compararon con los datos publicados anteriormente (Ashley et al
1996;. Normandos y Ashley 2000;. de Thoisy et al 2010).
Se incluyó un
análisis exhaustivo de la Cytb en un gran muestreo geográfica en América del
Sur, como se ha demostrado ser útil en la recuperación de la filogenia de los
mamíferos y la exposición de las especies crípticas (Baker y Bradley 2006;.
Redondo et al 2008).
Los alineamientos de secuencias se realizaron con Clustal
W 2.1 (Larkin et al. 2007) y editarse o concatenados, o ambos, cuando sea
necesario con la función de alineación Explorador implementado en MEGA 5.1
Las alineaciones
resultantes se utilizaron en la reconstrucción filogenética por 2 métodos. En
primer lugar, se realizó una búsqueda de máxima probabilidad en PhyML 3.0.1
(Guindon et al. 2010) utilizando el modelo de GTRþCþinv con parámetros
estimados a partir de los datos por el enfoque de máxima probabilidad. El árbol
inicial era un árbol BioNJ y se realizó la búsqueda utilizando tanto NNI y
reordenamientos SPR en cada interacción manteniendo sólo el árbol con mejor
puntuación verosimilitud.
Utilizaron como
probabilidades previas para las edades de los nodos (Drummond y Rambaut 2006).
También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los
tiempos de divergencia de los nodos, con la tasa de evolución descrito
anteriormente (2,5%). Todas las estimaciones fueron congruentes.
Tiempos de Divergencia
Se
utilizaron dos métodos para estimar los tiempos de divergencia entre los
linajes Tapirus. En el primero, se utilizó el método de Linetree
Takezaki-Rzhetsky-Nei (Tamura et al. 2007), lo que supone un estricto reloj
molecular. Se Asumimó una tasa de sustitución evolutiva de 2,5% por millón de años.
Además se usó fechas estimadas a partir del registro fósil
para calibrar el reloj molecular y establecer límites en algunas de las
divisiones clado en el árbol para refinar las estimaciones (véase Hulbert 1999
; Spassov y Ginsburg 1999 ; Holanda y Cozzuol 2006 ; Ferrero y Noriega 2007 ;
Holanda et al 2011 ; y el análisis morfológico a continuación) . Estos
límites de edad determinados por fechas fósiles se establecieron en la división
entre los tapires asiáticos y americanos (hace 15 6 SD 5.000.000 años [ mya ] )
, por la divergencia entre T. bairdii y los tapires sudamericanos ( 7.5 6 1 mya
) , así como la diversificación de los tapires Sudamericanos ( 0,13 6 0,1 mya )
. En un segundo método , se utilizó una estimación bayesiana implementado en
BESTIA 1.5.3 ( Drummond et al . 2007 ) , con un reloj molecular relajado
utilizando las mismas calibraciones fósiles arriba para ajustar los medios y
las desviaciones estándar de una distribución normal utilizado como
probabilidades previas para las edades de los nodos ( Drummond y Rambaut 2006 )
. También utilizamos un modelo de reloj estricta y sin restricciones en los
tiempos de divergencia de los nodos , con la tasa de evolución descrito
anteriormente ( 2,5 %). Todas las estimaciones fueron congruentes.
